как остановить гниение бревна в срубе

Остановить гниение бревна в срубе практически и теоретически уже не возможно.
Лечится это заменой венца в обязательном порядке, так как другие венцы то же могут загнить.

Надо действовать на опережение и обрабатывать бревна антисептиками, лаком до строительства. Но даже если и случилась такая беда, возможно, не все так страшно. Если внутри оно целое, достаточно будет просто зачистить и покрыть спец средством.